Ochrana

Vzhledem k výraznému postupu prací v lomu na Pacově hoře bylo již ve 40. letech 20. století úředně stanoveno ochranné pásmo Chýnovské jeskyně, tedy hranice, na které musí být těžba zastavena. V roce 1949 pak byla zřízena přírodní rezervace Chýnovská jeskyně. Díky svému významu byla v roce 1992 převedena vyhláškou ministerstva životního prostředí do kategorie národní přírodní památka. Všechny pozemky nad krasovým systémem jsou součástí pásma hygienické ochrany vodního zdroje Rutice, odkud je odebírána pitná voda pro město Chýnov. Od počátku 90. let 20. století jsou v jeskyni prováděny práce tak zvaného "ochranářského managementu". Jejich cílem je odstranění nebo alespoň minimalizace všech negativních vlivů způsobených zpřístupňováním a dlouholetým turistickým provozem jeskyně.