Hydrologie

I přes dlouhodobý výzkum zůstávají poměry podzemního toku Chýnovské jeskyně a jeho vztah k povrchové hydrografii oblasti stále ještě otevřenou otázkou. Dodnes nejsou známy cesty podzemních vod oblasti východně od jeskyně, tedy přítok a jeho zdroje. O něco lépe je prozkoumána odtoková větev. Již v první odborné zprávě z roku 1863 vyslovili Dr. Frič a Prof. Krejčí domněnku, že obě tehdy známá jezírka (Čertovo a Purkyňovo) spolu souvisí. Teprve ve 40. letech 20. století prokázali Vl. Homola a C. M. Schüller, že voda v  jeskyni je pouze malým úsekem daleko delšího podzemního toku, který měl zásadní podíl na vzniku celého systému. Přestože v té době bylo provedeno několik stopovacích zkoušek, nepodařilo se najít vývěr vod na povrch. Tento problém vyřešil jednoznačně až v roce 1962 F. Skřivánek, kdy stopovací zkouškou pomocí barviva