Z bohaté literatury napsané pro toto obsazení je v repertoáru Kvarteta Bona Fide zastoupena celá řada autorů. Z koncertních programů se dají vypozorovat dvě hlavní období, na která soubor upírá svou pozornost. První je doba hudebního klasicismu, která skladbám pro kvarteto s flétnou velmi přála, a druhé období je hudba 20. století.

Z hudebního klasicismu soubor nastudoval od doby svého vzniku v roce 1996 řadu skladeb, o nichž se dá hovořit jako o vrcholných dílech své doby v daném oboru. Mezi ně patří zejména čtyři kvarteta W. A. Mozarta z nichž zejména Kvarteto D – dur (K. 285) je nádherným dílem hodným jména svého autora. Dalšími význačnými autory jsou Pavel Vranický a Antonín Rejcha, jehož kvarteta op. 98 jsou důkazem kompozičního mistrovství tohoto českého skladatele, který byl mimo jiné i ředitelem pařížské konzervatoře.

Vzhledem k velké oblibě flétny v této době vznikla i celá řada transkripcí. Velmi zdařilý je přepis původně smyčcového kvartetu J. Haydna i virtuózně pojatá díla G. Rossiniho.

Z hudby 20. století se snaží členové souboru vybírat taková díla, která by mohla zaujmout i posluchače, kteří normálně tuto hudbu neposlouchají, nebo je neoslovuje.

Sem jednoznačně patří argentinský skladatel Astor Piazzolla (1921 – 1992). Tento autor stylu nazvaného „Tango nuevo“ se stal nejoblíbenějším autorem jak u posluchačů, tak u samotných členů souboru. Astor Piazzolla tematicky vyšel z tradiční argentinské hudby - tanga - a zpracoval ji moderním způsobem s tím, že zachoval její přístupnost běžnému posluchači. Z obrovského množství Piazzollovy tvorby jsou v repertoáru Kvarteta Bona Fide tři cykly (Histoire du tango, Čtvero ročních období v Buenos Aires a Misterio del Ángel) a řada dalších samostatných skladeb. Všechny skladby A. Piazzolly hraje Kvarteto Bona Fide v citlivých úpravách českého skladatele a profesora skladby na Konzervatoři Jaroslava Ježka Jiřího Doubka.

Samostatnou kapitolou jsou potom kompozice soudobých českých autorů, včetně premiérových provedení skladeb psaných přímo pro vlastní soubor. V těchto skladbách se mohou uplatnit všechny interpretační přednosti jednotlivých členů ansámblu, včetně využívání neobvyklých technik hry a vytváření nových zvukových standardů.